会社員の確定申告のやり方｜e-Taxで簡単に申告する手順を解説

会社員は毎月の給与から所得税が天引きされ、年末には会社が「年末調整」を行うため、通常は自分で確定申告をする必要がありません。しかし、一定の条件に当てはまる場合は確定申告が必要になり、適切に申告することで税金の還付を受けられます。

この記事では、会社員が確定申告をすべきケースから、e-Taxを使ったオンライン申告の手順、医療費控除・ふるさと納税の具体的な申告方法まで、初めての方にもわかりやすく解説します。

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会社員が確定申告をすべきケース#

年末調整で処理されない所得や控除がある場合、自分で確定申告を行う必要があります。以下のいずれかに当てはまる方は確定申告が必要です。

1. 副業・フリーランス収入が年間20万円を超えた#

本業以外の収入（Webライター、フリーランス、フリマ販売、アフィリエイトなど）が1月〜12月の1年間で合計20万円を超えた場合、確定申告が必要です。

ここでいう「20万円」は**売上ではなく所得（売上から経費を差し引いた金額）**です。副業の売上が25万円でも、仕入れや交通費などの経費が8万円あれば所得は17万円となり、申告不要になります。

2. 医療費が年間10万円を超えた#

1月〜12月の1年間に支払った医療費が、家族全員合計で10万円（または所得の5%のうち少ない方）を超えた場合、「医療費控除」を受けられます。この控除は年末調整では処理できないため、確定申告が必要です。

3. ふるさと納税でワンストップ特例を使わなかった#

ふるさと納税の「ワンストップ特例制度」は寄附先が5自治体以内で、かつ他に確定申告の必要がない会社員のみ利用できます。以下の場合は確定申告が必要です。

• 6自治体以上に寄附した
• 他に確定申告が必要な控除（医療費控除など）がある
• ワンストップ特例の申請書を期限（翌年1月10日）までに提出しなかった

ふるさと納税自体を始めるなら、ポイント還元が大きい楽天ふるさと納税が定番です。確定申告時にも寄附履歴を一覧で確認できるため、申告作業がスムーズになります。

4. 住宅ローン控除の初年度#

新築・中古住宅を購入した年の住宅ローン控除は、確定申告で手続きを行います。2年目以降は年末調整で完結しますが、初年度だけは自分で申告する必要があります。住宅ローン残高の0.7%が最大13年間にわたって所得税・住民税から控除されるため、初年度の申告漏れは大きな損失になります。

5. 年収が2,000万円を超えた#

年収が2,000万円を超えると、会社での年末調整の対象外となり、自動的に確定申告が必要になります。

6. 複数の会社から給与を受け取った#

転職した年や、掛け持ちで複数の会社から給与をもらっている場合は、メインの会社での年末調整では全ての収入を処理しきれないため、確定申告が必要です。

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確定申告が必要なケースとそうでないケースの比較#

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確定申告の期間・スケジュール#

確定申告には、申告の目的によって受付開始日が異なります。

通常の確定申告（納税・還付）#

毎年 2月16日〜3月15日 が申告・納税の期間です。この期間に申告書を提出し、税金を追加で納める場合は3月15日までに納付します。

2026年の場合：2026年2月16日（月）〜3月16日（月）※3月15日が日曜のため翌月曜日

還付申告（税金が戻ってくる場合）#

医療費控除やふるさと納税など、税金の還付を受けるだけの場合は1月1日から申告できます。申告期限も5年間と長いため、期間内に申告を忘れても遡って申告できます。

ただし、還付金の振込は申告から 1〜2ヶ月程度 かかることが多いため、早めに申告する方が早く還付を受けられます。

年間スケジュールの目安#

時期	やること
1〜2月	医療費・ふるさと納税の領収書・証明書を整理する
1月1日〜	還付申告の受付開始（早めに申告するとベスト）
2月16日〜	通常の確定申告受付開始
3月15日	確定申告・納税の期限
4〜5月	還付金が口座に振り込まれる（申告から1〜2ヶ月後）

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e-Taxで確定申告する手順（ステップバイステップ）#

国税庁が提供するオンライン申告システム「e-Tax」を使えば、税務署に行かずに自宅から確定申告を完結できます。スマートフォン＋マイナンバーカードがあれば、最短30〜60分で申告できます。

ステップ1：マイナンバーカードとスマートフォンを準備する#

e-Taxのスマホ申告には以下が必要です。

• マイナンバーカード（必須）
• ICカードリーダー対応スマートフォン（NFC搭載・iPhone 7以降またはAndroid）
• マイナンバーカードの 暗証番号（数字4桁と英数字混在6〜16桁の2種類）

マイナンバーカードを持っていない場合は、ID・パスワード方式でも申告できますが、事前に税務署で手続きが必要です。

ステップ2：国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスする#

国税庁のウェブサイト（https://www.nta.go.jp）から「確定申告書等作成コーナー」にアクセスします。スマートフォンからアクセスすると、スマホ向けの申告画面（スマート申告）が利用できます。

「作成開始」をクリックし、申告方法として「マイナポータル連携」または「e-Tax（マイナンバーカード方式）」を選択します。

ステップ3：マイナポータルと連携して情報を自動取得する#

マイナポータル連携を使うと、以下の情報を自動で取り込めます。

• 給与の源泉徴収票（勤務先がマイナポータル連携に対応している場合）
• 医療費の情報（健康保険組合が対応している場合）
• ふるさと納税の寄附金証明書（連携対応の自治体・サイトの場合）
• iDeCoの掛け金証明書（連携対応の金融機関の場合）

連携できない情報は手動で入力します。

ステップ4：収入・控除の情報を入力する#

画面の案内に沿って以下を入力します。

1. 給与所得：源泉徴収票の「支払金額」「源泉徴収税額」を入力
2. 各種控除：医療費控除・寄附金控除（ふるさと納税）・iDeCoなど、該当する控除を入力
3. 住所・口座情報：還付金の振込先口座を入力

入力が完了すると、申告書の内容と納税額（または還付額）が自動計算されます。

ステップ5：内容を確認してe-Taxで送信する#

申告内容を確認し、問題がなければマイナンバーカードで電子署名を行い、e-Taxで送信します。

送信完了後、「受付番号」が発行されます。このページを保存またはスクリーンショットしておきましょう。申告書の控えはPDFでダウンロードして保管することをおすすめします。

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確定申告に必要な書類一覧#

申告前に以下の書類をそろえておくとスムーズです。

全員が必要な書類#

書類	入手先	タイミング
給与所得の源泉徴収票	勤務先から交付	1月中旬〜下旬
マイナンバーカード	市区町村	事前取得が必要
還付金振込用の銀行口座情報	通帳またはアプリ	—

医療費控除がある場合#

書類	入手先
医療費の領収書（原本またはデータ）	病院・薬局
医療費控除の明細書	国税庁のフォームに記入
健康保険から補てんされた金額のメモ	健保組合の通知

ふるさと納税がある場合#

書類	入手先
寄附金受領証明書	各自治体から郵送
（マイナポータル連携の場合は不要）	—

iDeCoがある場合#

書類	入手先
小規模企業共済等掛金払込証明書	国民年金基金連合会から郵送（10〜11月頃）

住宅ローン控除（初年度）がある場合#

書類	入手先
住宅ローンの年末残高証明書	金融機関から郵送
建物・土地の登記事項証明書	法務局
売買契約書または工事請負契約書	購入時に受け取ったもの
住宅性能証明書など（省エネ住宅の場合）	不動産会社・施工会社

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医療費控除の申告方法#

医療費控除とは#

1月〜12月の1年間に支払った医療費が、家族全員の合計で 10万円（または総所得の5%のうち少ない方） を超えた場合、超えた金額を所得から差し引ける制度です。

年収500万円（総所得約350万円）の会社員の場合、控除の閾値は10万円と総所得の5%（17.5万円）のうち少ない方＝10万円となります。

控除される金額の計算式#

医療費控除額 = 支払った医療費の合計 − 健康保険から補てんされた金額 − 10万円

例：医療費合計18万円、健康保険の高額療養費として3万円補てんを受けた場合 18万円 − 3万円 − 10万円 = 5万円 が控除額

所得税率20%の場合、5万円×20%＝10,000円の所得税が還付されます（住民税からも別途5,000円還付）。

医療費控除の対象になるもの・ならないもの#

対象になるもの

• 病院・歯科・眼科・整骨院などの診療費・治療費
• 医師が処方した薬代
• 通院のための交通費（電車・バスなど公共交通機関のみ、タクシーは原則対象外）
• 出産費用（健康保険の出産育児一時金50万円を差し引いた残額）
• レーシック手術など視力矯正手術の費用

対象にならないもの

• 健康診断・人間ドック（疾病が発見されその後治療を受けた場合は対象になる）
• 予防接種
• 美容整形
• 市販の風邪薬・栄養ドリンク（セルフメディケーション税制の対象を除く）
• 自家用車でのガソリン代

e-Taxでの医療費控除入力方法#

1. 「確定申告書等作成コーナー」で「所得控除の入力」へ進む
2. 「医療費控除」を選択
3. 「医療費控除の明細書」を画面上で作成（支払先・医療費・補てん金を入力）
4. マイナポータル連携で医療費データを自動取得することも可能

領収書の原本は確定申告書の提出後5年間保管する義務があります（税務署から求められた際に提出する場合があります）。

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ふるさと納税の確定申告方法#

ワンストップ特例との違い#

ふるさと納税の税控除を受ける方法は2つあります。

手続き	ワンストップ特例	確定申告
対象者	給与のみの会社員で寄附先5自治体以内	誰でも可
申請方法	自治体に申請書を郵送	e-Taxまたは書面で申告
申請期限	翌年1月10日（必着）	翌年3月15日
控除の反映	翌年6月以降の住民税	所得税は申告年分・住民税は翌年6月以降

確定申告でのふるさと納税の入力方法#

1. 「確定申告書等作成コーナー」の「所得控除の入力」から「寄附金控除」を選択
2. 寄附した自治体ごとに「寄附金受領証明書」の情報を入力
   • 寄附した自治体名
   • 寄附金額
   • 寄附年月日
3. マイナポータル連携（ふるさと納税サイトが対応している場合）で自動入力も可能

複数の自治体に寄附している場合、「寄附金控除に関する明細書」に一覧でまとめて記入できます。

控除される金額の目安#

ふるさと納税の控除額は「寄附金額 − 2,000円」が上限です。年収・家族構成によって控除上限額が異なり、上限を超えた分は控除されません。

年収	独身・共働き	夫婦（配偶者控除あり）
300万円	約28,000円	約19,000円
400万円	約42,000円	約33,000円
500万円	約61,000円	約49,000円
700万円	約108,000円	約86,000円

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確定申告でよくある失敗・注意点#

失敗1：医療費の領収書を年末まで保管しなかった#

医療費控除の申告には支払先・金額・日付が必要です。病院の窓口でもらう領収書は再発行できないため、1月から12月までの領収書をすべて保管する習慣をつけましょう。家族全員分をまとめて封筒に入れておくと便利です。

失敗2：ふるさと納税のワンストップ特例と確定申告を二重に手続きした#

ワンストップ特例を申請した後に確定申告を行うと、ワンストップ特例の効力は自動的に無効になります。確定申告書には必ずふるさと納税の寄附金控除を漏れなく記載してください。

失敗3：配偶者や子どもの医療費を合算しなかった#

医療費控除は生計を一にする家族の医療費を合算できます。配偶者・子どもの医療費を忘れると控除額が少なくなります。家族全員分の領収書を一括管理しましょう。

失敗4：申告期限を過ぎてしまった#

確定申告の期限（3月15日）を過ぎても、還付申告の場合は5年以内であれば申告できます。ただし、納税が必要な場合は期限を過ぎると無申告加算税（5〜20%）や延滞税（年8.7%程度）が課せられるため注意が必要です。

失敗5：e-Taxの送信後に内容の誤りに気づいた#

申告書を送信した後でも、確定申告期間中であれば「修正申告」または「更正の請求」で内容を訂正できます。e-Taxから再度申告書を作成し、「修正申告」として送信します。

失敗6：住民税の申告を忘れた#

所得税の確定申告をe-Taxで完了すると、住民税の申告は自動的に市区町村に通知されます（別途手続き不要）。ただし、副業所得が20万円以下で所得税の申告が不要な場合でも、住民税の申告は市区町村に別途行う必要があります。

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確定申告の3つの方法を比較#

初めて確定申告をする方には e-Tax（スマホ） が最もおすすめです。マイナンバーカードがあれば自宅で完結でき、入力内容に応じて金額が自動計算されるため、計算ミスがありません。

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まとめ：会社員の確定申告チェックリスト#

確定申告が必要かどうかの最終確認です。

以下のいずれかに当てはまる方は確定申告を行いましょう：

• 副業・フリーランス収入の所得が年間20万円を超えた
• 家族全員の医療費合計が年間10万円を超えた
• ふるさと納税を6自治体以上へ行った、またはワンストップ申請を忘れた
• 住宅ローン控除の初年度（購入した年）
• 年収が2,000万円を超えた
• 複数の会社から給与を受け取った

e-Taxで確定申告する流れ：

1. マイナンバーカードとスマートフォンを準備する
2. 国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
3. マイナポータル連携で情報を自動取得（可能な場合）
4. 収入・控除情報を入力して申告書を作成
5. 内容確認後、マイナンバーカードで電子署名して送信

還付申告なら1月1日から受け付けており、早めに申告するほど還付金が早く振り込まれます。期間中に余裕を持って手続きを進めましょう。

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